При регистрации образцов на постоянное хранение в Главную инвентарную книгу музея были внесены следующие сведения о них: наименования, места залегания и даты сбора, размеры, сохранность, а также первичная геологическая информация о недрах.

Каждому предмету было присвоено уникальное идентификационное учётное обозначение, например «ККМ ОФ 2562/1», где «ККМ» – шифр Коломенского краеведческого музея, «ОФ» – основной фонд, «2562» – номер коллекции, «1» – номер образца.

На каждом экземпляре горной породы, минерала и окаменелости белой эмалевой краской была закрашена область (примерно 0,4-1 см², в зависимости от размера образца), и поверх чёрной тушью проставлено учётное обозначение.

Место для нанесения эмалевой краски было выбрано так, чтобы не скрыть характерные признаки образца. В случае рыхлых и сыпучих экземпляров номера проставлены на коробке или банке, в которую они уложены.

После маркировки коллекции были разложены в ящики с ячейками по порядку номеров.

Удобнее использовать ящики одинаковых размеров, чтобы иметь возможность разместить их на стеллажах или полках шкафов «стопкой».

Применять ящики размера больше, чем 30-40 см, не рекомендуется, потому что их будет тяжело перемещать.

Лучше заказывать или изготавливать ящики не с откидной крышкой, а с выдвижной, как у школьного пенала.

Хрупкие палеонтологические и геологические образцы уложены в ячейки ящиков на вату.

На передней лицевой стороне каждого ящика прикреплена этикетка с указанием первого и последнего номеров образцов (например, «ККМ 2562/15-27») и общий заголовок (например, «Коллекция горных пород, минералов и окаменелостей, собранных на территории СССР Соколовым Феодосием Николаевичем (1900-1965 гг.), преподавателем Коломенского сельскохозяйственного техникума, в 1927-1958 годах»).

Если какие-либо образцы с места постоянного хранения извлекаются, то в топографической описи ящика указывается когда, куда и на какой срок. При возврате в фонды делается соответствующая запись.